Principalmente las acciones del hombre
Piensa en el hombre como un virus
Este virus infecta a planeta (huesped)
El virus para vivir necesita terminar o consumir a su huesped.
Como hace esto?
Construyendo, consumiendo carne animal, cazando por diversion, contaminando, consumiendo productos en exceso etc.
Todo eso forma parte de la vida del hombre, por lo tanto este consume al planeta
Al hacer esto las especies se ven afectadas, incluso al grado de desaparecer
Por otro lado, no se si cuente como proceso natural, pero al introducirse una especie ajena a un ecosistema esta hace algo similar a lo que te explique antes, por lo tanto puede terminar con alguna especie
Un ejemplo de esto ultimo lo dan los simpson xD.
Espero te sirva.
Saludos.